整個TVP科技券申請過程通常需時約12個月，但實際處理TVP科技券申請所需的時間會視乎收到的申請書數量、個別申請的複雜程度同埋所提交的資料是否完整等因素而定。申請獲批後，申請者可能需要按照科技券計劃委員會或秘書處訂定的批准條件進行申請書的修訂。TVP科技券同其他創新同科技基金項目的處理方法相似，獲批項目的資料將會被上載至創新科技署的網站。

在2020年疫情爆發之前，一般的科技券申請大約需要16周處理，到了2022年疫情期間，科技券的平均申請處理時間大概為6個月。首先需要等待大約2個月先會有回覆，如果冇大問題，一般再多4個月就可以批准科技券申請。

到了2023年4月左右，科技券的平均申請處理時間已經縮短至5至6個月，提交申請後大約1個月就可以獲得回覆!

當創新科技署收到申請書後，會首先評估申請者的資格，並根據業務相關性、預算和項目細節的合理性進行審查，同時查核技術顧問或服務供應商的過往記錄。實際的批核時間取決於當時收到的申請數量、每個申請的複雜程度，以及提交資料的完整性和清晰度。在評估期間，創新科技署可能會要求申請者進行澄清或提供補充資料，並且申請者需要在收到相關要求後一個月內提交所需文件。

在終期撥款方面，申請者必須在項目完成後兩個月內通過科技券計劃管理系統向創新科技署提交以下文件：

1. 項目最終報告
2. 項目成果證明（如顧問報告、交付收據、軟件系統的截圖、設備照片、培訓紀錄等）
3. 每個開支項目的付款發票及相應收據，付款人名稱必須與申請者名稱一致

若獲批資金超過5萬港元，申請者需提交由合資格的獨立審計師審核的開支報表；若資金低於5萬港元，則只需提交最後的開支報表並確認無誤。